DJBC sejak tahun 2002 telah melakukan reformasi kepabeanan dan cukai. Berdasarkan hasil survey yang dilakukan tim penyusun  peraturan pelaksanaan Undang-Undang Cukai nomor 11 tahun 1995 tentang Cukai, menunjukkan para pengguna jasa masih menginginkan pelayanan yang baik, administrasi yang sederhana dan penerapan sanksi yang ringan.

Dari hasil kajian menunjukkan, permasalahan pengawasan dan pelayanan di bidang cukai yang melekat pada DJBC disebabkan faktor-faktor antara lain SDM, sistem dan prosedur, serta organisasi.

Dalam rangka perbaikan citra dan peningkatan kinerja pengawasan dan pelayanan di bidang cukai, serta peningkatan integritas SDM, DJBC telah melakukan pembenahan SDM, perbaikan remunerasi, penyederhanaan sistem dan prosedur, mordernisasi dan otomasi sistem, serta revitalisasi  organisasi untuk meningkatkan moral dan integritas SDM, mengurangi tingkat KKN, mengurangi diskresi kebijakan, serta akuntabilitas organisasi.

Selain itu, dengan banyaknya tuntutan akan kinerja tersebut, DJBC juga telah melakukan berbagai upaya serius dan menempuh langkah-langkah strategis guna melakuan perbaikan secara sistematik dengan melakukan reformasi di bidang cukai, yang diwujudkan dengan pembentukan KPPBC Madya Cukai pada tiga KPPBC penyumbang cukai terbesar yaitu Kediri, Malang dan Kudus.

 KPPBC Madya Cukai merupakan kantor Pengawasan dan Pelayanan DJBC yang memberikan pengawasan yang efektif,

 pelayanan prima kepada pengguna jasa dengan mengimplementasikan cara kerja yang efisien, transparan, dan responsif serta pembinaan yang proaktif kepada pengguna jasa.

Menurut ketua Tim Program Percepatan Reformasi Kepabeanan dan Cukai, yang juga sebagai Direktur Audit, Thomas Sugijata, latar belakang pembentukan  KPPBC Madya Cukai adalah tuntutan terhadap institusi DJBC, baik internal maupun eksternal untuk melakukan reposisi tugas dan fungsi DJBC, serta turut berperan dalam penyelenggaraan negara yang bersih dan bebas KKN.

"Atas dasar hal tersebut, dibentuklah Kantor Pelayanan Utama (KPU) sebagai salah satu upaya pembaharuan administrasi  kepabeanan dan cukai yang bertujuan untuk meningkatkan efisiensi pelayanan dan efektifitas pengawasan berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku, serta berlandaskan prinsip Good Governance" ungkap Thomas Sugijata.

KPU/KPPBC Madya merupakan revitalisasi dan perubahan yang dilakukan secara sistematik terhadap organisasi, sistem dan prosedur, SDM, dengan didukung remunerasi dan optimalisasi pemanfaatan teknologi informasi. Pada KPUKPPBC Madya ditetapkan budaya kerja yang merupakan nilai-nilai unggulan yang disepakati bersama dan kepemimpinan yang efektif.

Pembentukan KPU Madya Cukai diharapkan dapat memberikan dampak positif terhadap peningkatan kepatuhan penggunajasa, mengamankan hak-hak negara, dan profesionalisme aparat Kepabeanan dan Cukai.